История Пироговского Центра насчитывает более 100 лет, в течение которых можно выделить несколько основных периодов, когда существовали те или иные лечебные учреждения, на базе которых был образован Пироговский Центр. К ним относятся:

• Бывший дом Чегодаева
• Частная хирургическая лечебница А.В. Чегодаева (1907-1922 гг.)
• Центральное лечебно-диагностическое учреждение г. Москвы и периферии (1922-1925 гг.)
• Поликлиника медицинской секции Центральной комиссии по улучшению быта ученых (ЦЕКУБУ) (1925-1931 гг.)
• Поликлиника Комиссии содействия ученым (КСУ) (1931-1939 гг.)
• Центральная поликлиника Народного комиссариата здравоохранения СССР (в дальнейшем — Министерства здравоохранения СССР) (1939-1956 гг.)
• Центральная поликлиника Министерства здравоохранения РСФСР (1956-1958 гг.)
• Центральная поликлиника и центральная больница Министерства здравоохранения РСФСР (1958-1959 гг.)
• Больнично-поликлиническое объединение центральной поликлиники и центральной больницы Министерства здравоохранения РСФСР (1960-1962 гг.)
• Центральная поликлиника и центральная больница Министерства здравоохранения РСФСР (1962-1993 гг.)
• Поликлиника № 2 и республиканская клиническая больница № 2 лечебно-диагностического объединения Министерства здравоохранения и медицинской промышленности России (1993-2001 гг.)
• Поликлиника № 2 и клиническая больница № 2 государственного учреждения «Государственный медицинский центр Минздрава России» (2001-2003 гг.)
• Поликлиника № 1 и центральный клинико-диагностический комплекс Федерального государственного учреждения «Национальный медико-хирургический центр им. Н.И. Пирогова Минздрава России» (2003-2004 гг.)

Начиная с двадцатых годов прошлого века и до начала века нового, поликлиника и больница, с которых начиналась история Пироговского центра, предназначались для ученых и творческой интеллигенции. Поэтому, начиная с поликлиники ЦЕКУБУ, здесь работали корифеи своего времени, в том числе выдающиеся отечественные хирурги:

Поликлиника для ученых, находившаяся в центре Москвы (Гагаринский пер, д. 37) славилась и терапевтами, внесшими весомый вклад в развитие отечественной медицины, такими как В.Ф. Зеленин, М.П. Кончаловский, Д.Д. Плетнев, Д.М. Российский, В.Д. Шервинский, А.И. Яроцкий, Г.Ф. Ланг и др.

Многие из терапевтов являлись видными специалистами прошлых лет, которыми гордилась вся страна.

Заслуживали внимания и профессора других специальностей, которые консультировали амбулаторных больных в новой поликлинике.

Среди них нельзя не отметить выдающихся акушеров-гинекологов, в том числе С.И. Благоволин, Г.Ф. Ланг, И.Л. Брауде, А.Д. Казанский, Ю.В. Снегирев, а также замечательных отечественных невропатологов, дерматологов, окулистов, отоларингологов и других врачей, чьи имена по праву вошли в сокровищницу отечественной медицинской науки и практики.

Здесь были консультантами лучшие из лучших российских врачей, призванные к оказанию высококвалифицированной медицинской помощи научной, а затем и творческой элите государства. Ускоренное развитие поликлиника для ученых и творческой интеллигенции, как предтеча Пироговского центра, получила в предвоенные и особенно в послевоенные годы. Модернизация ее корпусов продолжалась несколько десятилетий, начавшись в двадцатые и закончившись в шестидесятые годы, прежде чем они приобрели привычный для нас вид.

В 1950 г. решением Московского городского совета депутатов трудящихся поликлинике для ученых и творческой интеллигенции был выделен земельный участок, предназначенный для строительства профильной больницы. До тех пор больные, нуждавшиеся в стационарном лечении, направлялись из поликлиники в разные московские стационары. В каждом из них выделялось несколько коек для ученых и творческой интеллигенции. Будущая больница, строительство которой предусматривалось в районе Измайлово, предназначалась исключительно для этого контингента больных.

Проектные и строительные работы по возведению больницы для ученых и творческой интеллигенции выполнялись в 1951-1957 гг., когда директором поликлиники, находившейся в Гагаринском переулке, стал бывший заместитель министра здравоохранения РСФСР по лечебной работе Н.И. Ермолов. Это был опытный организатор, благодаря которому были предприняты энергичные меры для строительства новой московской больницы.

Н.И. Ермолов — главный врач больницы и поликлиники, предназначенных для ученых и творческой интеллигенции. После окончания строительных работ Н.И. Ермолов стал первым главным врачом больницы для ученых и творческой интеллигенции, оставив за собой и пост директора профильной поликлиники.28 октября 1958 г. первые больные поступили на стационарное лечение в больницу для ученых и творческой интеллигенции, когда еще не все лечебно-диагностические отделения приступили к работе в полном объеме.

Прошло еще несколько месяцев, прежде чем общее число развернутых в них коек сравнялось со штатным и достигло 300. Поэтому этот день означает начало работы приемного, I хирургического, неврологического, I и II терапевтических отделения, а также рентгеновского кабинета, клинической лаборатории, аптеки и пункта переливания крови в составе хирургического отделения.

22 мая 1959 г. или в день Николы летнего — святителя и чудотворца Николая, одного из самых почитаемых в мире святых, коечная емкость больницы для ученых и творческой интеллигенции достигла штатной за счет восьми развернутых лечебно-диагностических отделений, в том числе 3 хирургических, 4 терапевтических и одно неврологическое.

В течение 1960-1962 гг. и поликлиника, и больница для ученых и творческой интеллигенции были объединены в больнично-поликлинический комплекс, являвшийся первым объединением подобного рода в их истории. Главным врачом нового комплекса стал Н.И. Ермолов.

В 1968-1971 гг. на территории больницы для ученых и творческой интеллигенции (со стороны Нижней Первомайской улицы) был возведен новый лечебно-диагностический корпус. В течение 1972 г. здесь были развернуты новые отделения, с вводом которых более чем удвоились возможности лечебного учреждения по специализированным видам медицинской помощи, а коечная емкость больницы достигла 720 штатных коек.В 1983 г. на Нижней Первомайской улице начинаются строительные работы по возведению здания новой поликлиники, которые продолжались в течение 7 лет. Лишь в 1991 г. несколько терапевтических, а также хирургическое, неврологическое, стоматологическое и прочие поликлинические отделения приступили здесь к работе.

В 1993-2001 гг. и поликлиника, и больница для ученых входили в состав второго больнично-поликлинического комплекса в их истории, который получил название лечебно-диагностического объединения Минздравмедпрома России.

В 2001 г. произошла его реорганизация с образованием на этой базе Государственного учреждения «Государственный медицинский центр Минздрава России».

01 ноября 2002 года Государственный медицинский центр Минздрава России был преобразован в Национальный медико-хирургический Центр Министерства здравоохранения Российской Федерации.

11 ноября 2003 г. Национальному медико-хирургическому Центру присвоено имя великого российского хирурга, ученого и общественного деятеля Николая Ивановича Пирогова.